La Segunda temporada de Merlin comenzó el 19 de Septiembre de 2009 y finalizó el 19 de Diciembre de 2009 con un total de 13 episodios.
2 - 1La maldición de Cornelius Sigan Sep. 19, 2009
2 - 2La una vez y futura reina Sep. 26, 2009
2 - 3La pesadilla comienza Oct. 03, 2009
2 - 4Lancelot y Guinevere Oct. 10, 2009
2 - 5La Bella y la Bestia (Parte 1) Oct. 24, 2009
2 - 6La Bella y la Bestia Parte 2 Oct. 31, 2009
2 - 7El cazador de brujas Nov. 07, 2009
2 - 8Los pecados del padre Nov. 14, 2009
2 - 9La Dama del Lago Nov. 21, 2009
2 - 10Dulces sueños Nov. 28, 2009
2 - 11La rapidez de la bruja Dec. 05, 2009
2 - 12Los fuegos de Idirsholas Dec. 12, 2009
2 - 13El último señor de los dragones Dec. 19, 2009